Da noch keine geantwortet hat: Tipps für den MKietwagen gibts hier und man kann auch Angebote für Rethymno finden:
Mietwagen auf Kreta

Ich denke, fast alle gesuchten Kriterien (bis auf fahrzeit, ca. 45-60 min) treffen auf Elounda, mit seiner herrlichen, wind-und wellgen-geschützten Bucht zu.
Mehr Infos dazu gibts hier:
http://kretatipp.de/elounda/

Das ist der Bus welcher auch bei Mali verbeifährt.
Hier sind die Fahrpläne für Heraklion - Agios - Sitia:
Busfahrplan 2016

Aktueller Sommer-Busfahrplan 2016 Heraklion-Ost-Kreta ist hier:
kretatipp.de/busfahrplan-2016/

Tax-Preise:
kretatipp.de/taxi-fahrpreise/