Hallo yamok,
zunächst möchte ich dich sehr herzlich bei uns im Afrika-Forum begrüßen.
Da du mit unterschiedlichen Airlines unterwegs bist, wirst du davon ausgehen müssen, dass du dein Gepäck nicht durchchecken kannst und es vermutlich bei deiner Zwischenlandung in Johannesburg vom Band nehmen musst.
In jedem Fall erhälst du deine Bordkarten für den Weiterflug von Johannesburg via Kairo nach Frankfurt erst beim Check In in J'burg. Dort kannst du dann auch dein Gepäck abfertigen lassen, d.h. du musst einmal durch die Sicherheitskontrolle.
Die Egypt Air wird dein Gepäck dann durchgehend bis Frankfurt abfertigen, so dass du dich auf dem Flughafen in Kairo nicht noch einmal um deinen Koffer kümmern musst und auch selbst im Transit-Bereich bleibst, d.h. hier keine Sicherheitskontrolle passieren wirst.
Ich würde in deiner Stelle für J'burg eine Umsteigezeit von mindestens 2 Stunden einplanen, die sollten dann allerdings auch ausreichen, denn man findet sich im internationalen Terminal gut zurecht.
Hoffentlich konnte ich dir mit diesen Informationen weiterhelfen; ansonsten melde dich gern noch einmal.
Viele Grüße von der Nordseeküste und viel Vorfreude auf deine Tour
Andreas