Hallo Diana,
wir waren Ende April / Anfang Mai für 10 Tage in New York! Bei der Einreise hat der gute Mann nur zwei Worte mit uns gewechselt "Pass" und "Fingers" das wars, er hat keine Fragen gestellt, aber ich denke das ist von Mitarbeiter zu Mitarbeiter unterschiedlich.
Der Transfer vom JFK nach Manhattan ist ganz easy, wir sind mit dem "Airtrain" (fährt innerhalb der Flughafen Geländes kostenlos) bis zur Endstation gefahren, glaube das war die Jamaica Station, dort muss man 5USD zahlen um die Airtrain-Station verlassen zu können, dann ging es direkt in die U-Bahn und ab nach Manhattan.
Wir empfanden diese Art der Anreise interessanter als mit einem Taxi / Shuttle da man direkt einen ersten Eindruck von NY und den New Yorkern bekommt und nicht abgeschottet im Taxi sitzt.
Frühstück bekommt ihr an jeder Ecke in jedem Deli, Starbucks u.ä. oder einfach mal einen Bagel am Straßenstand kaufen, auf eine nahegelegene Bank setzen und das Treiben beobachten 
Mein Ausflugstip: Mit der Subway Linie 7 nach Queens fahren, an der Endstation (Flushing) aussteigen und staunen. Es erwartet euch das größte Chinatown außerhalb von China wenn ihr aus der U-Bahn steigt habt ihr das Gefühl in China gelandet zu sein. Chinatown auf Manhattan ist ein Witz dagegen (sorry, meine Meinung). Die U-Bahn fährt übrigens hauptsächlich auf einer Trasse so, dass ihr während der Fahrt einiges entdecken könnt (z. B. Five Points).
Ich wünsche euch viel Spaß in meiner Stadt 