Hallo!
Für den Yellowstone würde ich jedem zu mindestens 4 Nächten raten, auch wenn man nicht großartig wandern gehen will. Wir waren für 3 Nächte da und ich habe mich geärgert, dass wir nicht mehr Zeit hatten. Von allen Nationalparks (und ich behaupte jetzt einfach mal, dass ich recht viele kenne), ist das mit großem Abstand der spektakulärste.
Der Park ist riesig und man ist ewig unterwegs, um von A nach B zu kommen. Ständig "muss" man stehenbleiben, weil Bisons auf der Straße sind, man einen Bären sieht, Wölfe sieht, oder Wapitis usw. Das ist natürlich alles klasse, kostet aber auch Zeit.
Am günstigsten von der Lage her ist die Old Faithful Lodge, die ist mittendrin. Allerdings müsstet ihr euch mit der Buchung dort ranhalten, die ist schnell ausgebucht. Wir waren in West Yellowstone im Gray Wolf Inn, das war in Ordnung. Wenn man jeden Tag erst durch's Valley fahren muss, kostet das zwar Zeit, allerdings haben wir da die tollsten Tiersichtungen gehabt.
Was wollt ihr denn die restlichen Tage in der Yellowstone-Gegend machen? Der Grand Teton lohnt sich auch sehr; Salt Lake City eher weniger.
Ein paar weitere Anmerkungen zu deinen Plänen:
Erste Nacht LA oder Santa Barbara (o.ä, dann eine Nacht in San Simeon, irgendwelche Einwände?
-> In San Simeon ist wenig los; wir fanden es gerade deswegen klasse, aber dessen muss man sich bewusst sein. Ich würde eher in LA als in Santa Barbara übernachten, aber kommt natürlich drauf an, was ihr geplant habt.
Wir planen 3 Nächte in SF, um 2 volle Tage zu haben. Macht es Sinn, z.B. nördlich z.B. San Rafael oder östlich z.B. Berkeley zu übernachten und täglich reinzufahren, wenn man eh den Wagen unterstellen muss? (bzw. würde das auch mit öffentlichen Verkehrsmitteln gehen?).
-> wäre mir zu lästig und zu zeitaufwändig. Nimm dir ein Motel auf der Lombard Street, bei den meisten ist das Parken gratis. Billig sind die aber nicht gerade.
Dann 2 Nächte Yosemite, um da einen vollen Tag zu haben!?
-> unbedingt!
Von da aus eher westlich der Sierra Nevada (mit Sequoia) nach Bakersfield oder östlich und in Lone Pine übernachten?
-> Kommt drauf an, was ihr sehen wollt. Westlich seht ihr Bodie, den Mono Lake und ggf. noch die Ancient Bristlecones. Allerdings bin ich auch großer Fan des Sequoia NP. Dafür bräuchtet ihr 2 Nächte vor Ort.
Death Valley, reicht es, da einfach durchzufahren (z.B. Lone Pine/Las Vegas Tagestour) oder bietet sich eher an Bakersfield - Übernachtung in Death Valley - Las Vegas?
-> Im Death Valley kann man Tage verbringen, so viel gibt es da zu sehen. Die meisten fahren nur durch und machen View Point Hopping. Ein ausgedehnter Besuch macht sowieso eher im Winter Sinn, wenn es nicht so heiß ist. Bakersfield ist übrigens ein schrecklich hässlicher Ort. 
In Las Vegas reicht uns ein Abend, um mal die Verrückten zu schauen. Von da aus eher über Bryce nach Grand Canyon (schafft man das mit 3 Nächten, z.B. Bryce, GCNP, Flagstaff) oder nur Grand Canyon (2 Übernachtungen Flagstaff mit Tagestour GCNP).
-> Ist meiner Meinung nach zu knapp mit 3 Nächten. Für den Bryce braucht man eigentlich einen vollen Tag. Eine Übernachtung in Flagstaff ist nicht sinnvoll, lieber in Tusayan oder direkt am South Rim (Bright Angel Lodge).
Von Flagstaff zurück nach LA, macht man da eine stramme Tagestour draus oder gibt es noch was zu sehen, eine gute Übernachtungsmöglichkeit auf der Strecke?
-> Auf der Strecke könnte ich dir Programm für mindestens eine volle Woche nennen, aber zur Not kann man das auch durchfahren. Haben wir auch schon gemacht. Allerdings verpasst ihr dann den Joshua Tree NP.
Wie ist das mit der Reisezeit? Juli/August soll Yellowstone ja sehr voll sein, wie ist der August für den ersten Teil der Reise? Doch lieber Ende Mai oder Juni?
-> Die Monate haben alle ihr Vor- und Nachteile. Wir waren Mitte Mai im Yellowstone und es war recht leer und das Wetter war prima. Im Hochsommer fallen die Chinesen über den Park her.
Ich würde im Mai eventuell zuerst den Südwest Part machen und dann im Juni zum Yellowstone fliegen.