Hallo Sandra,
bitte entschuldige, dass ich mich erst heute zu Wort melde, aber ich war beruflich seit Mitte April in der Türkei unterwegs und in den letzten Wochen immer nur mal für ein paar Tage am heimischen PC. Aber eure Tour steht ja erst in 2012 an; da bleibt ja ausreichend Zeit für eine intensive Reiseplanung und -vorbereitung. Eines vorweg: Namibia & auch Botswana sind tolle Ziele .. und sie machen garantiert süchtig! 
Gleich zu Beginn zum Thema "optimale Reisezeit": ihr müsst euch bei einer Namibia-Rundreise auf verschiedene Klimazonen einstellen. Wenn ihr euch Ende Mai/Anfang Juni auf den Weg macht, dann sollte die Regenzeit eigentlich vorüber sein; allerdings sind die Temperaturen häufig noch nicht so toll. Das spricht dann eher für den Herbst.
Namibia kann man problemlos auf eigene Faust bereisen. Ich würde daher unbedingt empfehlen, eine Tour nach eigenen Wünschen und Vorstellungen zu planen und sich lediglich an den Standardrouten der großen Anbieter, wie z.B. DERTOUR, zu orientieren. Hier finden gerade Einsteiger häufig gute Anregungen; dennoch würde ich mir das Auto (hochbeinig, aber kein Geländewagen!) in Eigenregie mieten und die Rundreise selbst gestalten. Nur dann seid ihr im Vorfeld so flexibel, wie ihr es wollt und man es vor Ort eigentlich sein sollte.
Wenn ihr komplette drei Wochen unterwegs seid, dann reicht es auch noch für einen Abstecher in den Caprivi Game Park und das Okavango-Delta ... aber eben nur ein Abstecher!
Für die Reservierung der Unterkünfte reicht die Zeit noch gut aus. Die Planung sollte bis spätestens Herbst abgeschlossen sein; bis dahin müssen auch alle wichtigen Buchungen in den typischen Touri-Gebieten stehen. Je nach Reisezeit kann man Unterkünfte in einzelnen Regionen auch noch vor Ort buchen und ist damit relativ flexibel.
Unbedingt einplanen solltet ihr einen gut 2-stündigen Rundflug über der Namib-Wüste ab und bis Swakopmund. Auch wenn der Flug in den kleinen Flugzeugen nicht ganz billig ist, so ist er ein unvergessliches Erlebnis, ein MUSS! Da wir hier im Forum aus gutem Grund keine Werbung machen sollen, würde ich dir weitere Details gern per PN zur Verfügung stellen. Schreibe mich bei Interesse einfach direkt an.
Es tut mir leid, wenn ich deine/eure bisherige Planung jetzt vielleicht in Frage stelle; aber ich bin fest davon überzeugt, dass es sich lohnt, zumindest noch über individuelle Alternativen nachzudenken. Bei Bedarf bin ich gern mit Tipps behilflich.
In jedem Fall wünsche ich euch ganz viel (berechtigte) Vorfreude und zunächst eine tolle Zeit in Kanada.
Viele Grüße von der noch sommerlichen Nordseeküste
Andreas